Environnement de calcul

Accès

Elle s’effectue en ssh sur un noeud de login : cristal.cines.fr

ssh <mylogin>@cristal.cines.fr

Le système d’exploitation est de type linux basé sur une BullX AE4 (base Redhat).

Espaces Disques

Cristal comporte 2 types de systèmes de fichiers

  • Il existe les répertoires tmp, espaces locaux propre à chaque nœud de visualisation ;
  • Cristal est aussi relié au NFS d’Occigen, correspondant à l’espace /home ;
  • Enfin, Cristal accède aussi au /scratch (qui est de type Lustre). C’est le même que celui d’Occigen:

file_system_cristalSchéma de fonctionnement

Cliquez sur l’image ci-contre pour l’afficher.

 

 

Modes de déport

Suivant les applications de visualisation qu’on souhaite utiliser ou suivant l’utilisation désirée de Cristal, il existe plusieurs modes de connexion/déport.

  • Déport classique : ssh -X

Le premier est la connexion par SSH avec affichage déporté. On se connecte la machine de login (cristal.cines.fr) par la commande suivante :

user@pc_local>$ ssh -X user@cristal.cines.fr

VirtualGL

VirtualGL a un fonctionnement de type client/serveur. D’un côté (côté machine distante), l’activation d’un client est requis. De l’autre (côté machine cristal.cines.fr), un serveur doit être actif. Seules les images générées par l’application et les commandes X11, côté machine de visualisation, sont transmises au poste distant.

C’est pourquoi il est nécessaire d’installer VirtualGL sur le poste à distance. Pour cela on peut se référer à l’URL suivante : http://www.virtualgl.org/vgldoc/2_2…. Les différentes versions de VirtualGL se trouvent sur : http://sourceforge.net/projects/vir….

Une fois le client installé sur le poste distant, on peut vérifier le bon fonctionnement de l’utilisation de VirtualGL. Pour cela, depuis le poste distant il faut lancer la commande suivante pour se connecter à cristal, par exemple, via virtualGL :

user@pc_local>$ vglconnect user@cristal.cines.fr

Cette commande s’applique si tous les ports, depuis le pc_local, sont ouverts. Sinon, on utilise un tunnel ssh par la commande suivante :

user@pc_local>$ vglconnect -s user@cristal.cines.fr

Enfin, pour vérifier que VirtualVGL fonctionne correctement on peut le tester avec glxgears par la commande suivante :

user@cristal2-xterm1>$ vglrun glxgears

glxgearsUne fenêtre comportant 3 roues dentées doit s’ouvrir, et les roues doivent être en mouvement les unes par rapport aux autres.

 

 

 

VirtualGL + TurboVNC

L’association de TurboVNC avec virtualGL implique que les commandes X11 et les images transitent par le même flux. L’intérêt de cette association réside dans le fait que TurboVNC permet d’ouvrir une session accessible depuis plusieurs postes distants et par plusieurs utilisateurs. Le principe est l’ouverture d’un bureau virtuel sur cristal. Ce qui permet ensuite d’ouvrir différents terminaux X. Il est nécessaire d’installer TurboVNC sur le poste à distance. Les différentes versions de TurboVNC se trouvent sur : http://www.virtualgl.org/Downloads/….

Contacter les administrateurs de la machine (via un ticket à svp @ cines.fr) pour demander la création d’une session. Cette session session sera le numéro qu’il vous faudra passer dans le paramètre à l’appel de la commande vncserver (voir en dessous)

Depuis le poste distant, on démarre tout d’abord la session distante en utilisant une connexion ssh :

user@pc_local>$ ssh -X user@cristal.cines.fr

Ensuite, on lance le vncserver sur cristal :

user@cristal>$ module load gcc/4.9.3
user@cristal>$ module load virtualgl/2.4.90
user@cristal>$ vncpasswd

 

il vous est demandé un mot de passe qu’il faut conserver et remettre en paramètre à l’appel de la commande vncviewer (voir plus bas)

user@cristal>$ vncserver :5 -depth 24 -name TEST

où 5 représente un display de session qui vous aura été transmis par les administrateurs lors de la création de la première session, TEST le nom de la session.

Enfin depuis le pc_local on lance le client TurboVNC :

user@pc_local>$ vncviewer cristal:5

Votre mot de passe vous est demandé, ensuite la session doit s’ouvrir sur votre poste.

Une fois dans le bureau virtuel, on peut ouvrir différents terminaux X et procéder de la même façon que pour une utilisation unique de VirtualGL.

Outils disponibles

Compilateurs, librairies, outils
Outils Versions
compilateurs gnu 4.5.2
openmpi 1.4/1.4.3
boost 1.46.0
netcdf 4.1.2
hdf5 1.8.6
python 2.7.1
cmake 2.8.4

Les outils de visualisation disponibles sont accessibles via les commandes « module » (module avail, module load <nom_du_module> …)

Dernière modification le : 31 octobre 2017